农民合作医疗互助共济的根本性质不变，都是为了共同抵御疾病风险而建立的一种医疗互助共济制度。

新型农村合作医疗与传统的合作医疗相比较，有六个方面特点：

一是加大了政府的支持力度，进一步完善了个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的筹资机制;

二是突出了以大病统筹为主，兼顾受益面，与各地经济水平和群众心理承受能力相适应，将重点放在解决农民因患大病而导致的贫困问题上，保障水平明显提高;

三是提高了统筹层次，以县为单位统筹，增强了抗风险和监管能力;

四是明确了农民自愿参加的原则，赋予农民知情、监管的权力，提高了制度的公开、公平和公正性;

五是由政府负责和指导建立组织协调机构、经办机构和监督管理机构，加强领导、管理和监督，克服了管理松散、粗放的不足;

六是建立医疗救助制度，照顾到了弱势人群的特殊情况。